Rachel, la mère de Rebecca, est sortie de son long sommeil. Elle annonce un avenir terrifiant : Mother s’apprête à mourir et cela entraînera la fin du genre humain. Afin d’éviter cela, tout l’équipage de l’Edens Zero décide de se rendre pour un voyage sans retour pour le dernier monde, « Univers Zéro ». Le récit reprend là où tout a commencé, à Granbell. Shiki et Rebecca, puis Happy, voilà l’heure des retrouvailles ! Un nouveau départ pour une aventure qui doit leur permettre de sauver le monde !

Les rencontres se multiplient au cœur de l'univers Zero.
Après avoir récupéré Edens Zero, le cuirassé du Grand Démon, et retrouvé leur grande amie Witch...
Shiki, Rebecca et Happy rendent visite à leurs compagnons pour reformer petit à petit l'équipage du vaisseau.
Cependant, ce monde diffère grandement de celui d'avant.
Fort de cette information, Shiki a la ferme intention de se lier d'amitié avec Drakkhen Joe et Poséidon Shura, deux de ses anciens ennemis...
La quête vers Mother est encore semée de nombreux pièges...

C’est la troisième rencontre entre Shiki et Drakkhen qui, cette fois, a entrepris de protéger le peuple de Guilst des attaques du Croque-mitemps. La Dame écarlate se lance également dans la bataille pour protéger Sun Jewel. Et Homura retrouve les souvenirs des exploits de son maître, Valkyrie. Shiki et ses amis, espérant que l’univers Zéro est un monde de paix, ont retrouvé Laguna à Cosmos Aoi. Ils affrontent alors l’empereur Shuraà Mais en coulisses, des menaces insondables s’agitent, notamment celles d’un certain savant fou !

Natsu, Lucy, Happy et Grey partent affronter l'armée d'Avatar, afin de l'empêcher de mettre son plan de purification à exécution. Le combat fait rage lorsqu'ils sont rejoints par Erza, Wendy, Jubia et Carla. Bientôt, l'amée du Conseil peut arrêter les membres survivants d'Avatar. Electre 2017

Les derniers membres de Tartaros ne sont plus en état de se battre et Face est détruite. Fairy Tail remporte la victoire et parvient à empêcher la résurrection de END, l'ultime démon des livres de Zeleph. Mais alors qu'Ignir explique la raison de sa disparition à Natsu, Acnologia revient à lui et le combat entre les deux dragons reprend de plus belle. Electre 2017

Natsu, Lucy et Happy retrouvent Wendy et Carla à la guilde de Lamia Scale où elles ont trouvé refuge suite à la dissolution de Fairy Tail. Wendy est partagée entre l'envie de rejoindre ses anciens compagnons et celle de rester avec les membres de sa nouvelle guilde. Quand une armée de monstres guidée par une guilde concurrente attaque la ville, Natsu et Lucy se joignent au combat. Electre 2017

Shiki et ses amis ont combattu aux côtés de Shura et Oracion Seis, ils sont parvenus à stopper la révolte de Muller, et après une discussion avec les quatre grands directeurs de l’Armée du système stellaire gouvernementale, ils décident de se diriger vers Cosmos Yukino. Ils arrivent sur la planète Miltz, où une fête est donnée en l’honneur de l’Edens Zero. Malheureusement, les sbires de Void sont déjà sur leurs traces !
Alors que le temps s’est subitement arrêté, Rebecca part affronter seule un général galactique démoniaque ! Que va-t-il advenir du voyage de l’Edens Zero vers Mother ?!