L’ultime bataille contre Zeleph fait rage... C’est alors que le dragon maléfique, Acnologia, fait son apparition ! Erza, Wendy et Gerald sont face à un adversaire trop puissant pour eux, mais ôquelqu’unö vient faire renaître l’espoir ! Cette personne prétend connaître un moyen d’anéantir Acnologia ! Pendant ce temps, Natsu se bat contre Zeleph. Cette fois, les deux frères iront jusqu’au bout ! Lequel des deux apportera la victoire à son camp ?! Et que se cache derrière le sort de ôNeo Eclipseö que Zeleph tente de déclencher ?! La vérité va enfin éclater au grand jour !

Rebecca, jeune B-Cubeuse en quœte de millions de vues sur sa chaîne, et Happy, son chat bleu, débarquent sur l'île de Granbell, réputée pour son gigantesque parc d'attractions géré uniquement par des robots ! Ils rencontrent toutefois un humain, le seul de l'île : Shiki, un jeune garçon un brin sauvage qui rœve d'autres horizons. C'est alors que les employés mécaniques se montrent menaçants à l'égard des humains...

La grande bataille de Renlil a commencé. Les Knockers déploient toutes leurs forces et Imm, accompagné de Kai, Hairo et Messâl tentent de contenir leurs avancées. Mais les affrontements sont très intenses, et la résistance des habitants est mise à rude épreuve. Puis, au cœur des combats, March qui est revenue à la vie cherche à retrouver Imm, mais...

Shiki et son équipage sont à la recherche de Valkyrie, la dernière étoile brillante du Grand Démon. Sur les conseils de Harmit, ils se rendent sur la planète du temps où ils font la connaissance d'une mystérieuse jeune fille. Celle qu'on appelle la voyante légendaire est prête à leur révéler l'emplacement de Valkyrie, mais à une seule condition...Pendant ce temps, Drakkhen Joe, l'Alchimiste des ténèbres qui sème la terreur dans Cosmos Sakura, s'intéresse dangereusement à l'Edens Zero...La grande aventure se poursuit dans l'espace infini... Et nul ne peut dire jusqu'où elle ira !

Xiaomei, la liseuse du temps, a révélé à Shiki et ses amis que Valkyrie se trouvait sur Sun Jewel, la planète des joyaux, contrôlée par la Dame écarlate et réputée comme l'un des lieux les plus paisibles de tout le cosmos. Pourtant, Shiki et Homura sont rapidement arrêtés et envoyés dans la zone de travaux forcés où ils découvrent l'enfer que vivent une partie des habitants de Sun Jewel. La Dame écarlate qui montre un intérêt inquiétant pour l'Edens Zero, Rebecca qui fait équipe avec Laviria, et un homme qui se présente comme un disciple de Valkyrie : autant de situations étonnantes qui se présentent aux yeux de nos amis... Alors que règne la confusion des sentiments, la vérité sur Valkyrie est sur le point d'éclater !

Attiré par le gain potentiel qu'il représente, Drakkhen Joe, l'alchimiste des ténèbres, a pris en chasse l'Edens Zero. Shiki et sa bande ont, quant à eux, quitté Sun Jewel après avoir vaincu la Dame écarlate, et ils décident de surprendre leur poursuivant en prenant l'initiative. Quelles seront les conséquences de leur opération d'infiltration ? Des affrontements qui dépassent l'entendement s'apprêtent à éclater au cours de ce terrible duel entre Edens Zero et Drakkhen Joe !

Wise a été gravement touché. Rebecca et Happy filent sur le Belial Gore pour lui apporter un médicament qui pourrait le sauver. Sur le trajet, ils sont confrontés à Sylphe du vent qui parvient à les emprisonner. Shiki et Homura tentent de les secourir, mais ils sont aussitôt stoppés par Sylphe et son frère. L'affrontement contre Drakkhen se précise, mais l'avenir s'assombrit brusquement pour l'équipage de l'Edens Zero...

Drakkhen a activé son Over Drive. Shiki est sur le point d'être emporté par cette puissance écrasante, mais il est sauvé in extremis par l'intervention téméraire de Wise. Les autres membres de l'équipage trouvent le système de préservation vitale et un retournement de situation se profile, mais... Drakkhen Joe, l'immortel, n'a pas dit son dernier mot !

L'Edens Zero suit les traces de Mother Ether et arrive sur Foresta, la planète verte. L'équipage découvre alors que toutes les machines se sont révoltées sous l'influence de Ziggy et qu'elles ont réduit les humains en esclavage ! Bon gré mal gré, Shiki et ses compagnons affrontent les machines, mais Beast, le corps franc de Poséidon Nero, démarre sa mission d'élimination ! Dans le même temps, Erzy puis Justice, qui est à sa poursuite, atterrissent également sur Foresta... Les différents combats sur cette nouvelle planète s'annoncent ardus, tandis que le piratage déclenché par Ziggy risque de mettre hors course les Quatre étoiles brillantes...

L'affrontement a été intense, mais Shiki et l'équipage de l'Edens Zero sont finalement venus à bout de l'unité 6 des Beast de Poséidon Nero. Puis, ils ont vu l'armée du système stellaire gouvernementale débarquer et anéantir sans le moindre effort l'unité 1 !
Shiki et Homura ont alors été emprisonnés en raison de leur lien avec Erzy, et Justice se montre extrêmement agacé...
Harmit et Wise se sont quant à eux rendus sur un "satellite serveur" qui émet un virus informatique responsable d'une crise de folie généralisée chez les machines.
Ils se retrouvent face au professeur Muller qui avait torturé Harmit autrefois, et dont les sévices la traumatisent encore aujourd'hui !
Nos amis vont-ils pouvoir se débarrasser de ce cruel scientifique et ainsi libérer les machines de leur virus maléfique ?

Imm pensait pouvoir vivre paisiblement avec ses compagnons, à l'ère moderne. Mais alors qu'il s'habitue doucement à cette époque, le Noir se présente à lui sous l'apparence d'un enfant. Il lui révèle que les knockers n'ont pas disparu, mais ont évolué et sont devenus indétectables. Ils ont ainsi gagné la bataille avant même qu'elle ait commencé. Imm reste pourtant déterminé à combattre ses ennemis. Il décide d'affronter un knocker qui a parasité le corps d'une petite fille, Mimori...

"Quand Takagi me taquine" raconte la vie quotidienne de Takagi qui adore taquiner et se moquer de son camarade de classe Nishikata, et les tentatives ratées de ce dernier pour se venger d'elle.

Discrètement, les knockers se sont infiltrés dans toutes les strates de la société et jusque dans l'école de Imm. Résolu à secourir tous les humains parasités, il refuse de rentrer auprès des siens tant qu'il n'aura pas atteint son objectif. Pourtant, Imm doit se rendre à l'évidence : peu de solutions existent. L'enquête de Fen et Nikson permet de mettre à jour les liens étroits qu'entretiennent La Garde et Mizuha, manipulée par son knocker.

Ziggy le Grand Démon oeuvrait dans l'ombre pour s'emparer de Cosmos Aoi, et Shura comptait en profiter pour éliminer Nero, son propre père. Les desseins des uns et des autres ont conduit à une grande bataille au coeur de Cosmos Aoi qui s'est soldée par la destruction de l'Empire. Encore une fois, les pertes sont nombreuses...
L'équipage de l'Edens Zero pleure la disparition de l'une des leurs.
Malgré la douleur, il se promet de venir à bout de la menace que représente Ziggy...
Arrivé à un tournant très important du récit, l'Edens Zero va s'envoler pour un nouveau voyage.

L'affrontement entre Imm et Mizuha le knocker bat son plein dans le bunker. C'est aussi le cas de Tonali et ses amis face au faux Imm présent dans le collège. Après avoir frôlé la mort à maintes reprises, les compagnons unissent leurs forces pour tenter de s'en sortir. à la suite d'une bataille acharnée, les combats prennent fin... mais la discussion avec les knockers se poursuit. Que souhaitent-ils et quelles réponses Imm peut-il apporter ?

Nishikata est un collégien plutôt réservé, peu habitué à jouer les premiers rôles à l'école. Takagi, sa camarade de classe, est par contre coutumière des coups d'éclat. Elle aime se faire remarquer, mais elle se plaît surtout à attirer la lumière sur Nishikata, malgré lui. En effet, Takagi ne ménage pas ses efforts pour taquiner Nishikata : l'embarrasser est un véritable passe-temps pour la jeune fille ! Mais attention, avec Takagi les apparences sont souvent trompeuses !Nishikata s'est mis en tête de battre Takagi dans un duel au jeu de cartes ! Grâce à des informations erronées qu'il a données à sa camarade de classe, il est sûr de gagner. Mais la jeune fille n'est pas née de la dernière pluie et commence à bien connaître sa victime préférée ! Nishikata, bien mal acquis ne profite jamais !

Imm et ses compagnons sont venus à bout du knocker Mizuha et ont finalement réussi à repousser le faux Imm qui se trouvait au sein de l'école ; La véritable Mizuha est de retour et la vie à pu reprendre son cours .Néanmoins de nombreux problèmes subsistent : Yûki porte en lui l'un des nombreux knockers qui infestent toujours le monde , Satoru va bientôt perdre tous ses pouvoirs d'observateur ...
Alors , quelle vie mener , désormais ?
Il est l'heure de prendre de grandes décisions .L'heure du changement à sonné...

Les rencontres se multiplient au cœur de l'univers Zero.
Après avoir récupéré Edens Zero, le cuirassé du Grand Démon, et retrouvé leur grande amie Witch...
Shiki, Rebecca et Happy rendent visite à leurs compagnons pour reformer petit à petit l'équipage du vaisseau.
Cependant, ce monde diffère grandement de celui d'avant.
Fort de cette information, Shiki a la ferme intention de se lier d'amitié avec Drakkhen Joe et Poséidon Shura, deux de ses anciens ennemis...
La quête vers Mother est encore semée de nombreux pièges...

C’est la troisième rencontre entre Shiki et Drakkhen qui, cette fois, a entrepris de protéger le peuple de Guilst des attaques du Croque-mitemps. La Dame écarlate se lance également dans la bataille pour protéger Sun Jewel. Et Homura retrouve les souvenirs des exploits de son maître, Valkyrie. Shiki et ses amis, espérant que l’univers Zéro est un monde de paix, ont retrouvé Laguna à Cosmos Aoi. Ils affrontent alors l’empereur Shuraà Mais en coulisses, des menaces insondables s’agitent, notamment celles d’un certain savant fou !