Rebecca, jeune B-Cubeuse en quœte de millions de vues sur sa chaîne, et Happy, son chat bleu, débarquent sur l'île de Granbell, réputée pour son gigantesque parc d'attractions géré uniquement par des robots ! Ils rencontrent toutefois un humain, le seul de l'île : Shiki, un jeune garçon un brin sauvage qui rœve d'autres horizons. C'est alors que les employés mécaniques se montrent menaçants à l'égard des humains...

Shiki, Rebecca et Happy, aventuriers en herbe, se sont lancé le défi d’aller rencontrer ôMotherö, la déesse du Cosmos. Ensemble, ils décident de se rendre sur la planète Norma où vit le vieux docteur Wise, qui sera en mesure de leur fournir un nouveau vaisseau très perfectionné pour atteindre leur objectif. Malheureusement, des événements inattendus viennent bouleverser tous leurs plans ! Ils doivent faire face à un jeune homme qui dit aussi s’appeler ôWiseö et à une bande de pirates aux intentions plus que floues... C’est déjà le branle-bas de combat pour nos nouveaux héros !

Le vaisseau que Shiki a reçu de la part d’Erzy, la pirate du Cosmos, s’avère être celui sur lequel naviguait le Grand Démon Ziggy ! En tant que successeur de ce dernier, Shiki en devient l’héritier officiel. Assisté de Witch, l’une des Quatre Étoiles brillantes, de Rebecca et de son fidèle Happy, il décide de partir à la recherche des trois autres Étoiles afin de poursuivre sa quête de ôMotherö ! Tous se rendent alors sur Blue Garden où ils espèrent trouver des indices sur Sister, une Étoile brillante, mais une série d’enlèvements de B-Cubeuses vient perturber les plans de la petite équipe...
Comment nos héros vont-ils pouvoir s’échapper de ce piège tendu par ces individus malveillants ?

Shiki et ses compagnons se rendent sur la planète Guilst, repaire de tous les brigands de l’univers, afin de secourir Rebecca. Ils doivent alors affronter Rogue Out, la bande de mercenaires qui l’a enlevée. À leur grande surprise, leur chef s’avère être ôSisterö, l’une des Quatre Étoiles brillantes du Grand Démon qu’ils recherchent !
Mais la situation se complique brusquement : le Croque-mitemps, monstre dévoreur d’espace-temps s’approche dangereusement de Guilst...
Nos héros vont-ils survivre à ce cataclysme imminent ?! Et quel secret Sister détient-elle ?!

Afin de libérer Harmit, la troisième Étoile brillante du Grand Démon, l’équipage de l’Edens Zero fait un plongeon numérique sur Digitalis, la planète super virtuelle. Ils découvrent alors qu’ils sont tombés au cœur d’un monde à la merci d’un tueur en série très cruel ! Pour ne rien arranger, la trahison d’un compagnon les place face à un nouvel ennemi...
Dans un environnement des plus hostile, Shiki et ses amis vont devoir se surpasser pour sauver l’âme d’Harmit, très affectée par des actes malveillants !

Shiki et son équipage sont à la recherche de Valkyrie, la dernière étoile brillante du Grand Démon. Sur les conseils de Harmit, ils se rendent sur la planète du temps où ils font la connaissance d'une mystérieuse jeune fille. Celle qu'on appelle la voyante légendaire est prête à leur révéler l'emplacement de Valkyrie, mais à une seule condition...Pendant ce temps, Drakkhen Joe, l'Alchimiste des ténèbres qui sème la terreur dans Cosmos Sakura, s'intéresse dangereusement à l'Edens Zero...La grande aventure se poursuit dans l'espace infini... Et nul ne peut dire jusqu'où elle ira !

Xiaomei, la liseuse du temps, a révélé à Shiki et ses amis que Valkyrie se trouvait sur Sun Jewel, la planète des joyaux, contrôlée par la Dame écarlate et réputée comme l'un des lieux les plus paisibles de tout le cosmos. Pourtant, Shiki et Homura sont rapidement arrêtés et envoyés dans la zone de travaux forcés où ils découvrent l'enfer que vivent une partie des habitants de Sun Jewel. La Dame écarlate qui montre un intérêt inquiétant pour l'Edens Zero, Rebecca qui fait équipe avec Laviria, et un homme qui se présente comme un disciple de Valkyrie : autant de situations étonnantes qui se présentent aux yeux de nos amis... Alors que règne la confusion des sentiments, la vérité sur Valkyrie est sur le point d'éclater !

L’équipage de l’Edens Zero a retrouvé Valkyrie... ou plutôt sa carcasse. Cette dernière a été lâchement tuée par la Dame écarlate. Non seulement Homura a perdu son maître, mais elle a également appris une terrible vérité de la bouche de sa vraie mère. Shiki, révolté par la peine qu’il décèle chez son amie, décide d’aller affronter seul la Dame écarlate...
Dans la zone de travaux forcés, Rebecca et Wise doivent faire face aux assauts des trois calamités. Et pour ne rien arranger, Drakkhen Joe, attiré par l’odeur de l’argent, s’en mêle aussià
Du sang et des larmes coulent sur la planète Sun Jewel. Comment nos héros vont-ils gérer cette tragédie ?!

Attiré par le gain potentiel qu'il représente, Drakkhen Joe, l'alchimiste des ténèbres, a pris en chasse l'Edens Zero. Shiki et sa bande ont, quant à eux, quitté Sun Jewel après avoir vaincu la Dame écarlate, et ils décident de surprendre leur poursuivant en prenant l'initiative. Quelles seront les conséquences de leur opération d'infiltration ? Des affrontements qui dépassent l'entendement s'apprêtent à éclater au cours de ce terrible duel entre Edens Zero et Drakkhen Joe !

Wise a été gravement touché. Rebecca et Happy filent sur le Belial Gore pour lui apporter un médicament qui pourrait le sauver. Sur le trajet, ils sont confrontés à Sylphe du vent qui parvient à les emprisonner. Shiki et Homura tentent de les secourir, mais ils sont aussitôt stoppés par Sylphe et son frère. L'affrontement contre Drakkhen se précise, mais l'avenir s'assombrit brusquement pour l'équipage de l'Edens Zero...

Il faut changer l’avenir catastrophique qui s’annonce ! Armé des informations détenues par Rebecca, l’équipage de l’Edens Zero passe à l’action et attaque le Belial Gore. Leur mission : libérer Laviria. Malheureusement, l’entrée en scène d’un individu inattendu vient perturber leurs plans... Shiki et ses amis doivent par ailleurs affronter les Element 4, mais aussi le terrible Drakkhen Joe !

Drakkhen a activé son Over Drive. Shiki est sur le point d'être emporté par cette puissance écrasante, mais il est sauvé in extremis par l'intervention téméraire de Wise. Les autres membres de l'équipage trouvent le système de préservation vitale et un retournement de situation se profile, mais... Drakkhen Joe, l'immortel, n'a pas dit son dernier mot !

Avant de prendre la route qui les conduira vers le cosmos externe, Shiki et tout l’équipage de l’Edens Zero font un petit détour par Granbell où ils découvrent que Ziggy est toujours en vie ! Cependant, méconnaissable, ce dernier annonce la suprématie des machines, affirme vouloir prendre le contrôle de l’humanité et attaque soudainement l’Edens Zero. Heureusement, grâce à l’intervention surprise d’Erzy, le pire est évité. Ziggy parti en quête de Mother à bord de l’Edens One, Shiki décide de le poursuivre...
Mais nos héros interplanétaires sont contraints de s’arrêter à la frontière de Cosmos Sakura lorsque leur vaisseau arrive à Dragon Fallà

L'Edens Zero suit les traces de Mother Ether et arrive sur Foresta, la planète verte. L'équipage découvre alors que toutes les machines se sont révoltées sous l'influence de Ziggy et qu'elles ont réduit les humains en esclavage ! Bon gré mal gré, Shiki et ses compagnons affrontent les machines, mais Beast, le corps franc de Poséidon Nero, démarre sa mission d'élimination ! Dans le même temps, Erzy puis Justice, qui est à sa poursuite, atterrissent également sur Foresta... Les différents combats sur cette nouvelle planète s'annoncent ardus, tandis que le piratage déclenché par Ziggy risque de mettre hors course les Quatre étoiles brillantes...

L'affrontement a été intense, mais Shiki et l'équipage de l'Edens Zero sont finalement venus à bout de l'unité 6 des Beast de Poséidon Nero. Puis, ils ont vu l'armée du système stellaire gouvernementale débarquer et anéantir sans le moindre effort l'unité 1 !
Shiki et Homura ont alors été emprisonnés en raison de leur lien avec Erzy, et Justice se montre extrêmement agacé...
Harmit et Wise se sont quant à eux rendus sur un "satellite serveur" qui émet un virus informatique responsable d'une crise de folie généralisée chez les machines.
Ils se retrouvent face au professeur Muller qui avait torturé Harmit autrefois, et dont les sévices la traumatisent encore aujourd'hui !
Nos amis vont-ils pouvoir se débarrasser de ce cruel scientifique et ainsi libérer les machines de leur virus maléfique ?

Le professeur Muller a été annihilé et la révolte des robots sur Foresta maîtrisée.
Cependant, Poséidon Nero a confié le commandement d'Oceans 6 à son fils Shura qui en profite pour se lancer dans un projet d'extermination globale des machines...
L'Armée gouvernementale et les Pirates du cosmos sont sur les traces du Grand Démon Ziggy, source de tous les maux.
Shiki et ses amis suivent quant à eux un entraînement spécial sous l'égide de Xenolith afin de vaincre Ziggy le moment venu.
Une gigantesque quantité d'Ether occupe Cosmos Aoi annonçant une bataille galactique sans précédent !

L’équipage de l’Edens Zero, guidé par Laguna, est entré en contact avec ôOasisö, une armée de rebelles qui se terre sur Sandra, la planète du sable. Shiki parvient à convaincre Goodwin, leur chef, de coopérer pour empêcher la destruction de toutes les machines du plan mis au point par Poséidon Shura. Pendant ce temps, dans la zone spatiale de la planète Nero 66, Eraser d’Oracion Seis a engagé le combat contre Shura. Shiki et ses amis vont essayer d’en profiter pour s’infiltrer sur Nero 66.

Alors que Wise et les autres progressent dans le sous-sol de Nero 66 afin d’atteindre le All Link System en vue de le détruire, voilà que se dressent devant eux les Oceans 6. Homura parvient à vaincre Milani, Wise doit affronter Nasseh, maître de l’hypnose, et Rebecca est contrainte à un duel contre Lyra.
De son côté, Shiki cherche à rejoindre ses amis pour aller délivrer ensemble Witch tombée entre les mains de Shura. C’est alors qu’arrive Justice...
La grande bataille de Nero 66 prend une nouvelle tournure bien plus complexe !

Grâce à leurs amis, les membres de l’équipage de l’EZ ont fini par arriver jusqu’à Shura. Malheureusement, ils retrouvent Witch dans un piteux étatà Fou de rage, Shiki part défier Shura : c’est la confrontation directe entre deux grands utilisateurs de gravité ! Pendant ce temps, au Sanctuaire, les trois colosses Ziggy, Jaguar et Nero se font face ! En coulisses, Cosmos Aoi est le théâtre de nombreux drames : Laguna et Ijuna, Homura et Creed, et toute l’armée rebelleà

Ziggy le Grand Démon oeuvrait dans l'ombre pour s'emparer de Cosmos Aoi, et Shura comptait en profiter pour éliminer Nero, son propre père. Les desseins des uns et des autres ont conduit à une grande bataille au coeur de Cosmos Aoi qui s'est soldée par la destruction de l'Empire. Encore une fois, les pertes sont nombreuses...
L'équipage de l'Edens Zero pleure la disparition de l'une des leurs.
Malgré la douleur, il se promet de venir à bout de la menace que représente Ziggy...
Arrivé à un tournant très important du récit, l'Edens Zero va s'envoler pour un nouveau voyage.